Dr. Absalom Zamorano Carrillo

Dr. en C. Neurobiología Celular y Molecular (Depto. De Fisiología, Biofísica y Neurociencias, CINVESTAV-IPN) M. en C. Neurobiología Celular y Molecular (Depto. De Fisiología, Biofísica y Neurociencias, CINVESTAV-IPN) Lic. En Física y Matemáticas, Escuela Superior de Física y Matemáticas, IPN.

Laboratorio de Bioquímica y Biofísica Computacional

Mis líneas de trabajo se desarrollan en el rubro de la Biofísica, Biomatemáticas y Bioinformática, aplicadas a la Biomedicina. En particular, empleo una técnica computacional llamada Dinámica Molecular en la cual simulamos el movimiento de proteínas y membranas, para explicar por qué ciertas estructuras están asociadas a la funcionalidad de una molécula y/o para predecir nuevos dominios de interés terapéutico. En esta vía de la química computacional también estoy interesado en el comportamiento de pequeños grupos de átomos utilizando reglas de la mecánica cuántica, analizando su efecto en los sistemas biológicos. Además estoy interesado en la simulación de procesos celulares que pueden ser modelados con ecuaciones diferenciales y sus soluciones, para caracterizar mecanismos de regulación en los sistemas biológicos. Asimismo, utilizo técnicas bioinformáticas convencionales (Alineamientos, Filogenética, Predicción de estructura, Estadística Inferencial y bayesiana, Métodos Monte Carlo y Cadenas de Markov) y no convencionales (Dinámica No Lineal) para obtener explicaciones sobre la relación que guardan proteínas y genes, por su contenido y reglas de información, que tiene implicaciones patológicas.

 

Publicaciones

1.               Zamorano, A., Lamas, M., Vergara, P., Naranjo, JR., and Segovia, J. Transcriptionally Mediated Gene Targeting of gas1 to glioma cells elicits growth arrest and apoptosis. Journal of  Neuroscience Research, 71:256-263 (2003), ISSN: 0360-4012.

2.               Zamorano, A., Mellström, B., Vergara, P., Naranjo, JR., and Segovia, J. Glial-specific retrovirally-mediated gas1 gene expression induces glioma cell apoptosis and inhibits tumor growth in vivo. Neurobiology of Disease, 15(3):483-91 (2004), ISSN: 0969-9961.

3.               V Encuentro Nacional de Biotecnología, Dic-2006. Identificación de regiones funcionales en la proteína BAX humana mediante información filogenética. Sánchez M y Zamorano A.  Artículos in extenso en Memorias.

4.               Sánchez A, Marchat L and Zamorano A. Prediction of a Putative Functional Region in the Human Bax Protein by Computational Analysis. American Journal of Infectious Diseases, 3(2): 68-75, 2007, doi: 10.3844/ajidsp.2007.68.75, ISSN:1553-6203.

5.               Absalom Zamorano1, César López-Camarillo2, Esther Orozco, Christian Weber3, Nancy Guillen3, Laurence A. Marchat1, *In silico analysis of EST and genomic sequences allowed the prediction of cis-regulatory elements involved in Entamoeba histolytica mRNA polyadenylation. Computational Biology and Chemistry, 32(4):256-263, 2008, ISSN: 1476-9271.

6.               Aguilar MS, Gonzalez PN, Zamorano-Carrillo A, Mendoza MS. The stimulation of peroxisome proliferator receptor gamma prevents hypertension in rats with aortic coarctation and decreases AngII-induced vascular response. Journal of Hypertension, Jun, 2009; 27:S301-S301. ISSN: 0263-6352. Meeting Abstract.

7.               Absalom Zamorano-Carrillo, Jonathan Pablo Carrillo-Vázquez; Brenda Chimal-Vega; Oscar Daniel-García; Roberto Isaac López-Cruz; Roberto Carlos Maya-Martínez; Elibeth Mirasol Meléndez; Claudia G. Benítez-Cardoza. How Homodimeric Proteins Fold and Assembly? Proteomics Research Journal. 2011;2(4):407-449. ISSN: 1935-2824.

8.               de Joannis, Jason; Coppock, Patrick; Yin, Fuchang; Mori, Makoto; Zamorano, Absalom; Kindt, James. Atomistic simulation of cholesterol selectivity for saturated over unsaturated phospholipids in a ternary bilayer: Implications for liquid ordered/liquid disordered phase coexistence. Journal of the American Chemical Society, 133(10):3625-34, 2011. ISSN: 0002-7863.

10.             Rosas Trigueros JL, Correa Basurto José, Benítez Cardoza CG and Zamorano Carrillo A. Insights into the structural stability of Bax from molecular dynamics simulation at high temperatures. Protein Science, 20(12)2035-2046, 2011. ISSN: 0961-8368

11.             Rosas Trigueros JL, Ilizaliturri-Flores I, Correa Basurto J, Benítez Cardoza CG and Zamorano-Carrillo A. Computational Modeling and Simulation of the Bcl-2 Family: Paving the Way for Rational Drug Design. Current Medicinal Chemistry, 19(36) 6081-6094, 2012, ISSN: 0929-8673 (Print), ISSN: 1875-533X (Online).

12.             Jonathan P Carrillo, Jerónimo López, Brenda Chimal, Claudia Benítez, Absalom Zamorano, César Reyes-López, César López-Camarillo and Laurence Marchat. G-2548A leptin promoter and Q223R leptin receptor polymorphisms in Mexican population. American Journal of Agricultural and Biological Science, 8(1) 34-43 ISSN: 1557-4989, DOI: 10.3844/ajabssp.2013.34.43, 2013.

13. Zaragoza-Esquinca MG, Aurioles-Tapia IM, Zamorano-Carrillo A, Querejeta-Villagómez , Araujo-Alvarez JM. Síndrome del túnel del carpo en trabajadores de una industria químico-farmacéutica. Carpal Tunel Syndrome on workers of a Chemical-Pharmaceutical Industry. Revista Acta Médica Politécnica ESM 1:(1) pg 5, 2013.

14. Ilizaliturri-Flores I, Rosas-Trigueros JL, Carrillo-Vázquez JP,  Vique- Sánchez JL, Carrillo-Ibarra N, Zamora-López B, Reyes-López CA,  Benítez-Cardoza CG, Correa-Basurto J, and Zamorano-Carrillo A. Identification of Pharmacological Targets Mixing Docking and Molecular Dynamics Simulation. American Journal of Agricultural and Biological Science, Vol 8, Issue 1, Pg: 89-106, 2013, DOI: 10.3844/ajabssp.2013.89.106, ISSN: 1557-4989.

15. Miguel A. Torres-Vega, Lizbeth M. Vázquez-Carcaño, Roxana Y. Vargas-Jerónimo, Ana G. Montiel-Martínez, Rosa M. Muñoz-Fuentes,  Misael Uribe, Absalom Zamorano-Carrillo, Ana R. Pastor-Flores, Laura A. Palomares. Reduction of Hyperammonemia In Vitro and In Vivo by a Baculovirus-Delivered Glutamine Synthetase as a New Approach for the Treatment of Hepatic Encephalopathy. Molecular Therapy, vol 21, June, S231, 2013. ISSN: 1525-0016. Meeting Abstract.

16. Ilizaliturri-Flores I, Correa Basurto J, Benítez Cardoza CG and Zamorano Carrillo A. A study of the structural properties and thermal stability of human Bcl-2 by Molecular Dynamics Simulation. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2014;32(11):1707-19. ISSN: 0739-1102 doi: 10.1080/07391102.2013.833858. Epub 2013 Sep 13.

17. Jonathan P Carrillo-Vázquez, Brenda Chimal-Vega, Beatriz Zamora-López,  Laurence A Marchat, Claudia G Benítez-Cardoza,, César  AS Reyes-López, Absalom Zamorano. Structural consequences of the polymorphism Q223R in the human Leptin receptor: A molecular dynamics study. American Journal of Agricultural and Biological Science, Vol 8, Issue 3, Pgs: 239-248, September 23, 2013. DOI : 10.3844/ajabssp.2013.239.248, ISSN: 1557-4989.

18. Sánchez-Aguilar María, Ibarra-Lara María de la Luz, Zamora-López Beatriz, Sánchez-Mendoza Alicia, and  Zamorano-Carrillo Absalom. Detecting Patterns in 5’ Untranslated regions of genes involved  in the regulation of blood pressure and oxidative stress. American Medical Journal 4(2): 184-189, 2013. ISSN: 1949-0070

19. Ma. del Socorro Charcas-Lopez, Lorena Garcia-Morales, Marisol Pezet-Valdez, Cesar Lopez-Camarillo, Absalom Zamorano-Carrillo and Laurence A. Marchat. Expression of EhRAD54, EhRAD51 and EhBLM proteins during DNA repair by homologous recombination in Entamoeba histolytica. PARASITE, 21(7), 2014. DOI: 10.1051/parasite/2014006. eISSN: 1776-1042 https://www.parasite-journal.org/articles/parasite/abs/2014/01/parasite130093/parasite130093.html

20. Chimal-Vega, B., N. Paniagua-Castro, J.C. Perez-Rebollar, J.P. Carrillo-Vazquez, A. Zamorano-Carrillo and C.G. Benitez-Cardoza. Antiobesity effects of human soluble Leptin in mice nourished with a high-fat/high fructose diet. American Journal of Agricultural and Biological Science, Vol 9, Issue 3, Pgs: 430-438, July 08, 2014. DOI : :10.3844/ajabssp.2014. 430.438, ISSN: 1557-4989.

21. Miguel Torres, Roxana Vargas-Jeronimo, Ana Montiel-Martinez, Rosa Muñoz-Fuentes, Absalom Zamorano-Carrillo, Ana Pastor-Flores, and Laura Palomares. Delivery of glutamine synthetase gene by baculovirus vectors: A proof of concept for the treatment of acute hyperammonemia. Gene Therapy, 2015, Jan;22(1):58-64 doi: 10.1038/gt.2014.89. PMID:25338921

22. Garcia-Vivas JM, Galaviz-Hernandez C, Becerril-Chavez F, Lozano-Rodriguez, Zamorano-Carrillo A, Lopez-Camarillo, and Marchat LA. Acupoint catgut embedding therapy with moxibustion reduces the risk of diabetes in obese women. Journal of Research in Medical Science, Vol 19,  Pag 610-616, 2014. ISSN: 1735-7136

23. Jonathan P. Carrillo-Vazquez, José Correa-Basurto, Jazmin García-Machorro, Rafael Campos-Rodríguez, Violaine Moreau, Jorge L. Rosas-Trigueros, Cesar A. Reyes-López, Marlon Rojas-López, Absalom Zamorano-Carrillo. Immunogenic peptide against pandemic influenza AH1N1 predicted by bioinformatic approach. Journal of Molecular Recognition, 2015. In press. ISSN: 1099-1352

Capítulos de libro

1.               Absalom Zamorano-Carrillo, Jonathan Pablo Carrillo-Vázquez, Brenda Chimal-Vega, Oscar Daniel-García, Roberto Isaac López-Cruz, Roberto Carlos Maya-Martínez, Elibeth Mirasol Meléndez, Claudia G. Benítez-Cardoza. How Homodimeric Proteins Fold and Assembly?  Editors: Eric C Walters. In the Book: Protein Folding. Series: Protein Biochemistry, Synthesis, Structure and Cellular Functions, NOVA Publishers, 2010 4th quarter. ISBN: 978-1-61761-259-6. Book Chapter.

2.               C. López-Camarillo, O. Hernández de la Cruz, I. López Rosas, A. Zamorano-Carrillo, L. Marchat. Genomics and proteomics approaches to understand virulence of Entamoeba histolytica. In: Science against microbial pathogens: communicating current research and technological advances, Vol 1, Pages: 511-519. Formatex Microbiology book series No.3. Editor:  Antonio Mendez-Vilas. December, 2011. Publisher: FORMATEX RESEARCH CENTER. Book Chapter. Vol 1 ISBN (13): 978-84-939843-1-1.

3.               Absalom Zamorano-Carrillo, Beatriz Zamora-López, Claudia-Guadalupe Benítez-Cardoza, Rosas-Trigueros Jorge Luis, César López-Camarillo, Laurence A. Marchat. Transcriptional Networks: Dynamic Information Fluxes. Editors: Kevin V. Urbano. In the Book: Advances in Genetics Research. Volume 7. Series:  Advances in Genetics Research, NOVA Publishers, 2012 1st quarter.  ISBN: 978-1-61324-868-3. Book Chapter.    https://www.novapublishers.com/catalog/product_info.php?products_id=25377

4.               Absalom Zamorano-Carrillo, Beatriz Zamora-López, Claudia-Guadalupe Benítez-Cardoza, Rosas-Trigueros Jorge Luis, César López-Camarillo, Laurence A. Marchat. Transcriptional Networks: Dynamic Information Fluxes. Editors: Renu Tuteja. In the Book: Bioinformatics: Genome Bioinformatics and Computational Biology. Series:  Advances in Genetics Research, NOVA Publishers, 2012 1st quarter.  ISBN: 978-1-62100-925-2. Book Chapter. https://www.novapublishers.com/catalog/product_info.php?products_id=29827

5.               Ian Ilizaliturri-Flores, Jorge L. Rosas-Trigueros, Beatriz Zamora-López, José Correa-Basurto, Claudia G. Benítez-Cardoza, Absalom Zamorano. Molecular dynamics of proteins:  Towards function identification via stability. Editors: Daniel E Garcia and Paige L Green. In the Book: Molecular Dynamics: Theory, Kinetics and Implementation. NOVA Publishers, 2012, 3rd Quarter. ISBN: 978-1-62081-592-2. Book chapter.

6.               Carrillo V. Jonathan, López-Alcantar Jerónimo, Benítez C. Claudia, Zamorano C. Absalom, López C. César, Reyes L. César and Marchat M. Laurence. Relevancia de polimorfismos en el gen de la leptina y su receptor para el desarrollo de la obesidad. En: Obesidad: un problema multifactorial, Coordinador: Juan Manuel Muñoz Cano. Colección Julián Manzur Ocaña de la UJAT. Ed. Universidad Juárez Autónoma  de Tabasco, pg: 17-36, 2011.